A intervenção do Instituto S. João de Deus, pode concentrar a sua realização em 4 grandes domínios.

1º Domínio de Intervenção

Prestação de cuidados de saúde a pessoas portadoras de doença mental, na fase aguda, com intervenção na crise, e em casos de doença de evolução prolongada, com inserção nas diferentes unidades consoante a sua patologia e o seu grau de autonomia;

Reabilitação psicossocial, cuja intervenção visa atingir o maior grau de autonomia possível do utente, procura melhorar a qualidade de vida e potenciar o direito à cidadania, através de acções ao nível sócio-ocupacional (ateliês de ocupação e ateliês de actividade produtivas), residencial, promovendo a reinserção familiar e comunitária, a formação profissional e o exercício profissional. A prestação de serviços a este nível inclui respostas em unidades residenciais de treino (transição) e unidades de vida, intra-institucionais e comunitárias, no âmbito dos cuidados continuados de Psiquiatria e Saúde Mental;

Tratamento de doentes dependentes do álcool pela desintoxicação orgânica e pela reabilitação psicológica, familiar e social do doente alcoólico, incluindo nos seus programas de intervenção os cuidados médicos, os cuidados de enfermagem, as avaliações e o apoio psicológico, as sessões pedagógicas, os treinos de assertividade, relaxamento e integração sensorial, apoio sócio-familiar e intervenção de pastoral da saúde e animação;

Tratamento da toxicodependência cuja a intervenção assenta na desintoxicação e/ou na reabilitação do utente dependente de drogas, incluindo nos seus programas de intervenção os cuidados médicos, os cuidados de enfermagem, as avaliações, o apoio psicológico, apoio sócio-familiar e intervenção de pastoral da saúde e animação;

Psicogeriatria/Gerontopsiquiatria, com serviços prestados em estruturas próprias, às pessoas idosas que sofram de patologia psiquiátrica, com programas de intervenção específicos, globais e individualizados.

Outros cuidados diferenciados de saúde: ortopedia/cirurgia ortopédica, oficinas ortopédicas, cirurgia pediátrica, cirurgia geral, cirurgia plástica e reconstrutiva, fisiatria/medicina física e de reabilitação, anestesiologia, cirurgia vascular, oftalmologia, otorrinolaringologia e medicina dentária.

Prestação de cuidados de geriatria, enquadrados ao nível residencial, numa estrutura com acompanhamento médico, psicológico, de fisioterapia, de enfermagem e do serviço de pastoral de saúde e animação;

Prestação de cuidados continuados, em regime temporário, com o objectivo de prestar cuidados de saúde iniciados no internamento hospitalar ou de agudização de episódios de doença crónica.

No acolhimento aos sem-abrigo, imigrantes ou nacionais, em situação de emergência humanitária. São espaços de acolhimento temporário, promovendo o apoio psicossocial, e outros considerados necessários, destinados prioritariamente aos cidadãos em extrema vulnerabilidade.